福建的人种究竟是来自哪里？这是许多人类学家长期研究探讨的课题。
梁启超先生就曾经在《中国历史上民族之研究》特别指出：“吾侪研究中华民族，最难解者无过福建人。”梁启超先生所说的难解，是指福建人在人种学上究竟来源于哪一种族搞不清楚。
古代的福建人和北方各省的人差异是很明显的。福建的方言，就十分独特，在北方人看来是“佶屈聱牙”。在体态容貌上古代福建人也与北方人有别。他们身材相对较矮，面形较短而下尖，眼形较圆而多是双眼皮，颧骨略突。虽然早已融入汉族大家庭，但语言和体貌上的这些差异，证明其在民族来源上是异于北方各省的。
让我们先看一看历史上福建人对自己祖先的记载。今天福建人的族谱、家谱都说自己的祖先是东晋、五代及北宋末的时候，从中原南迁过来的。当时社会的大动乱，使得大量的中原居民进入福建，并使福建得到开发与发展。然而，在汉族大量迁移进来之前，福建那时还生活居住着一个民族，那就是古闽越族。
闽越，古代越人的一支。秦汉时分布在今福建北部、浙江南部的部分地区。秦以其地为闽中郡，首领无诸。汉代后分为繇和东越两部。汉武帝元鼎六年，东越王反抗汉朝统治失败，部分族人被迫迁入江淮地区。
自东晋开始汉人迁入福建后，与原住民族生活在一起，于是他们较为先进的文明就慢慢的将闽越族原住民同化，闽越族的土著语言与古汉语混合形成了今天的闽方言，两族居民的通婚形成了今天福建人的体貌容态。
那么，古代闽越族，又是属于哪个种族呢？
人类学上把世界上的人种分为三类：黄色人种（蒙古利亚种）、白色人种（欧罗巴种）、黑棕人种（澳大利亚尼格罗种）。黄色人种按照他们南下的先后次序，大致又分为三支。
第一支最先南下到达中国南方，又续行南进，经中南半岛、马来半岛而散布于南洋诸岛。这一支因为居住在近海之地，所以称为“海洋蒙古利亚种”。他们在中国南方和中南半岛与当地存在的其他民族互相同化，逐渐改变了本来样子，最后进入南洋以后变化更大，成为今天的马来族（广义上包括马来西亚诸地居民）。古闽越族或许就是海洋蒙古利亚种南迁进程中留住在中国的一部分。
此后蒙古利亚种的第二支，即“南方蒙古利亚种”也开始南下，到达华北中原地方，成为华夏族及其他一些民族。
最后，蒙古利亚种的第三支即“北方蒙古利亚种”，占据了蒙古、中国东北和新疆等地，成为东胡、匈奴、突厥诸族。
闽越族如果就是留住中国的那部分“海洋蒙古利亚种”的话，那么他们与马来族就出自同源。福建人既然有闽越族的遗存，那么福建人和马来族人之间就应该有不少相似的地方。有论者认为，福建人眼形圆，面形较短而下尖，正好和马来人相似。圆形而有双重眼帘之眼，民族学上就称作“马来眼”，狭长形而无双重眼帘之眼则称为“蒙古利亚眼”（俗称丹凤眼），福建人中很多是马来眼而很少有丹凤眼。
此外，他们认为还有一些有关系的地方，可以表明闽越族和马来人的相似，比如：闽越族善于使舟及水战，而马来人善于航海；闽越族人断发文身，今天马来人还有文身之族；闽越人巢居，普通马来人的房屋也常建在高高的木桩上。但是，这些都是推断仅仅是“或许”和“如果”，证据也不充分并没有说服力。
也有人进一步提出，中国南方在“海洋蒙古利亚人”到来之前，应该已经有了先住民族。这一民族属于尼格罗种的一支，即矮黑人尼格罗。根据中国史书记载，中南半岛和云南曾有黑色人种。三国时在安徽还有矮黑人存在。这一民族今天还残存于南洋各地的山林之中。既然中国南方曾居住过矮黑人，那么古闽越族个子较矮，应该是有矮黑人的影响。不过这证据并不充分，只能权备一说。
还有人认为，闽越族与白色人种中的一个远支“印度尼西亚人”有关系。这些学者认为，印度尼西亚人迁来要比黄种人早，是他们和“海洋蒙古利亚种”混合而产生了马来族。印度尼西亚人眼形是圆的，这给后来闽越人留有影响。但是，这一意见也同样缺乏证据。
福建人在人种学上可能是由多种因素组成的，上述说法也许只是其中所包含的因素之一而已。追溯福建人的民族来源，应当还是汉族与闽越族的同化而来，至于进一步的问题，比如闽越族究竟属于哪一种族？他与马来族究竟有什么关系？矮黑人和印度尼西亚人是否有影响？这些都还是谜，千古疑题，有待新的令人信服的考古证据来诠释。